Hipmi Kota Pontianak di pimpin oleh seorang Ketua Umum di dampingi oleh seorang Sekretaris Umum beserta lima Wakil Sekretaris Umum dan seorang Bendahara Umum berserta empat Wakil Bendahara Umum beserta sembilan Ketua Bidang beserta para Kompartemen dan Departemennya.
Kepengurusan BPD Hipmi Kota Pontianak mempunyai periode waktu selama tiga tahun dalam masa kepengurusannya. Seorang Ketua Umum BPD Hipmi Kota Pontianak di pilih secara demokratis oleh seluruh anggota dan pengurus BPD Hipmi Kota Pontianak.
Hipmi juga adalah Organisasi Kader sehingga seorang Ketua Umum BPD Hipmi Kota Pontianak hanya bisa menjabat sebagai Ketua Umum satu kali periode saja.
BPD HIPMI Kota Pontianak memiliki enam Badan Pengurus Cabang (BPC) yang mencakup seluruh wilayah Kota Pontianak yaitu Kota Pontianak Selatan, Timur, Pusat, Utara, Barat, dan Kepulauan Seribu.
